Das Brüderkrankenhaus St. Josef Paderborn ist eine Einrichtung der Christliches Klinikum Paderborn gGmbH, die zur BBT-Gruppe gehört. Die Christliches Klinikum Paderborn gGmbH wird durch zwei Geschäftsführer vertreten. Diese zeichnen und gestalten gemeinsam die Zukunft der BBT-Region Paderborn-Marsberg. Sie sind als Team verantwortlich für die Führung des Geschäftsbetriebs in der Region und teilen sich die Verantwortung für die Geschäftsbereiche Personal und Kultur sowie Unternehmenssteuerung und Finanzen.

Die vier Mitglieder des Krankenhausdirektoriums rekrutieren sich aus den Bereichen Orden / christliche Unternehmenskultur, Verwaltung, Medizin und Pflege. Sie treffen in Übereinstimmung mit dem Träger die unternehmensrelevanten Entscheidungen. Dabei fühlt sich das Direktorium aus christlichem Auftrag verpflichtet, alles für die Patienten zu tun, um ihnen zu helfen und ihre Gesundheit zu fördern. Der Patient steht stets im Mittelpunkt aller Bemühungen.